Название: Красный фламинго (лат. Phoenicopterus ruber ruber)
Краткое описание: вес красного фламинго 2-2.5 кг, обитает в лагунах и соленых озерах
| Название сборки (Assembly name) | ASM68726v1 |
|---|---|
| AC сборки из RefSeq | GCA_000687265.1 | Общая длина | 1,132,184,511 |
| Число контигов | 137,480 |
| Число скэффолдов | 76,189 |
| N50 (скэффолд) | 38,071 |
| L50 (скэффолд) | 8,592 |
| N50 (контиг) | 20,262 |
| L50 (контиг) | 16,707 |
| Число аннотированных белков | 12142 |
| Ссылка на описание проекта | GenBank |
Для поиска полных геномов прокариотических вирусов я использовала раздел Nucleotide базы данных NCBI. Установленные ограничения на поиск: Organism: Siphoviridae; Sequence Length: 10000:20000. Текст запроса выглядел следующим образом: (Siphoviridae) AND 10000:20000[Sequence Length]. Всего находок получилось 374. Из GenBank 363 и из RefSeq 11 находок.
Был выбран полный геном Microbacterium phage TeddyBoy. Его характеристики:
| AC нуклеотидной записи | MN428062 |
|---|---|
| Название | Microbacterium phage TeddyBoy |
| TaxID | 2652885 | Тип генома | Линейная ДНК |
| Хозяин вируса | Бактерия |
Для получения fasta файла я воспользовалась Send to -Coding sequences - File
Файл .fastaОписание ключей было получено из INSDC.
| № | Название ключа | Описание ключа | Пример |
|---|---|---|---|
| 1 | sig_peptide | кодирующая последовательность сигнального пептида; кодирующая последовательность для N-терминального домена секретируемого белка |
sig_peptide 446..499
/gene="Lyz"
/allele="B"
|
| 2 | protein_bind | Этот ключ соответствует сайту связывания белка в ДНК. |
protein_bind 204..229
/locus_tag="Os08g0535200"
/bound_moiety="PthXo1"
|
| 3 | rep_origin | Точка начала репликации (origin of replication) - фрагмент нуклеиновой кислоты, с которой начинается её репликация. |
rep_origin 6629..7184
/note="ColE1 origin; origin polarity and direction of
RNAII pointed toward CMV enhancer/promoter"
|
| 4 | intron | Интрон - это часть ДНК, которая удаляется из РНК во время сплайсинга. |
intron 1583..2354
/number=1
|
| 5 | regulatory | Любой участок последовательности, отвечающий за регуляцию транскрипции, трансляции, репликации или структуры хроматина |
regulatory 4079..4084
/regulatory_class="polyA_signal_sequence"
/gene="LOC101055591"
/gene_synonym="SW5F"
|
| 6 | variation | Означает естественный полиморфизм и мутации |
variation 2626
/gene="pho1"
/pseudo
/compare=AB441692.1
/allele="pho1-1"
/replace="g"
|
| 7 | stem_loop | Шпилька- образуется в том случае, когда две последовательности одной и той же цепи комплементарны друг другу и соединяются друг с другом, перегибаясь одна к другой и образуя на конце неспаренный участок — петлю |
stem_loop 274..289 |